Una particolare disciplina è prevista per il conferimento degli incarichi di direttore generale, direttore amministrativo e sanitario, al fine di garantire la trasparenza e il carattere meritocratico  della selezione, fornendo una maggior tutela procedimentale agli interessi coinvolti dalla scelta "fiduciaria" degli organi di indirizzo e gestione (c.d. spoils system). 

Il direttore generale, come già visto, non opera in virtù di un rapporto di lavoro subordinato, ma è assunto con un contratto di lavoro autonomo a tempo determinato, stipulato con la Regione che provvede al conferimento del relativo incarico.

Ad oggi il direttore generale delle aziende sanitarie è nominato (discrezionalmente) dalle regioni e province autonome attingendo a una rosa di idonei che - a seguito di apposito avviso pubblico - abbiano manifestato interesse al conferimento, purché già iscritti in un elenco nazionale elaborato da una commissione presso il Ministero della Salute (d.lgs. 4 agosto 2016, n. 171, come mod. dal 26 luglio 2017, n. 126). 

Direttori amministrativi e sanitari sono nominati dal direttore generale attingendo a un elenco regionale formato a seguito di una selezione per titoli e colloquio.

La predisposizione di elenchi di idonei su base regionale o nazionale  risponde a un principio di tutela della professionalità dell'organizzazione, ove la conferma della scelta in una "rosa" di candidati esclude la compilazione di una graduatoria di merito e dunque limita la trasparenza della decisione a protezione della fiduciarietà di essa. 

Per entrambi si afferma un obbligo di motivazione del conferimento secondo profili meritocratici e di comparazione tra i candidati, che trova fondamento nel generale obbligo di motivare previsto per i provvedimenti amministrativi (l. 7 agosto 1990, n. 241, art. 3). Ove si voglia ritenere gli atti di conferimento "atti di diritto privato", la motivazione trova fondamento nei principi di correttezza e buona fede nell'esecuzione del contratto (artt. 1175 e 1375 c.c.), interpretati alla luce di quelli di buon andamento e imparzialità dell'amministrazione (Cass., sez. lav., 26 marzo 2014, n. 7107).

Sugli incarichi del top management sanitario ha avuto in particolare occasione di pronunciarsi la Corte costituzionale, affermando come la tutela dei principi di buon andamento e imparzialità impone di subordinare la decadenza dagli incarichi alla valutazione del conseguimento degli obiettivi ad essi correlati, assicurando la partecipazione dell'interessato secondo il principio del c.d. "giusto procedimento" (cfr. Corte Cost. 19 marzo 2007, n. 104). 

In tal senso si è voluto sottrarre il relativo conferimento a sistemi di spoils system, che importano l'automatica decadenza degli organi di vertice delle amministrazione al rinnovarsi degli organi di governo, secondo un modello che attribuisce prevalenza alla dimensione fiduciaria del rapporto, basata sulla consonanza politica.

Secondo il giudice costituzionale, la dimensione fiduciaria può assumere carattere determinante solo ove si tratti di incarichi apicali, ove - al fine di garantire l'effettività dell'indirizzo politico - è irrinunciabile l'intuitu personae che fonda il rapporto di fiducia tra organi politici e di direzione amministrativa (cfr. Corte Cost., 21 giugno 2010, n. 224). 

 Viceversa esso recede a fronte di incarichi conferiti a organi caratterizzati da una legittimazione tecnico-professionale come quelli di direzione delle aziende sanitaria, direttori generali (cfr. Corte Cost., 5 febbraio 2010, n. 34) e direttori amministrativo e sanitario (cfr. Corte Cost., 22 luglio 2011, n. 228). 

Ne consegue l'illegittimità delle norme che tutelino l'esclusivo carattere fiduciario della scelta degli organi di indirizzo politico, prevedendo automaticamente la decadenza dei primi alla cessazione del mandato elettorale dei secondi (o più precisamente al decorrere di un termine dalla costituzione delle nuove giunte regionali per la nomina dei direttori generali). 
La decadenza automatica pregiudica infatti il principio di buon andamento e continuità del servizio pubblico, in ragione di avvicendamenti nella gestione non determinati da una valutazione dei risultati in contraddittorio con gli interessati (cfr. Corte Cost. 2006, n. 233).

I relativi incarichi possono dunque cessare anticipatamente solo ove si contesti al titolare il mancato raggiungimento degli obiettivi prefissati, garantendogli altresì il pieno contraddittorio.