In seguito al processo di aziendalizzazione delle strutture del SSN (d. Lgs. 30 dicembre 1992, n. 502), l’azienda sanitaria si configura come organizzazione sanitaria pubblica tipica, incaricata del finanziamento ed - eventualmente - dell'erogazione delle prestazioni sanitarie. La configurazione nella forma di gestione aziendale delle strutture territoriali pubbliche erogatrici delle prestazioni sanitarie non è modificabile dal legislatore regionale. 

La struttura aziendale attribuisce a tali organizzazioni personalità giuridica pubblica, autonomia imprenditoriale e il potere di emanare atti aziendali di diritto privato (d. lgs. n. 502 del 1992, cit., art. 3 co. 1-bis). 

La personalità giuridica delle aziende ne consente la separazione rispetto all’amministrazione regionale di riferimento, conferendo loro autonomia patrimoniale perfetta. Viceversa, trattandosi di "enti strumentali" dell'amministrazione regionale (v. tuttavia nota in calce), esse sono tenute al perseguimento dei fini definiti dalla legislazione statale e regionale e dai relativi atti amministrativi di attuazione, cui è rimessa altresì la definizione di vincoli finanziari e gestionali che limitano l'autonomia delle azienda. Tuttavia l'atto aziendale, adottato dal direttore generale, consente alle aziende di disciplinare la propria organizzazione e il proprio funzionamento, nel rispetto di principi e i criteri previsti dalle disposizioni regionali (d. lgs. n. 502 del 1992, cit., art. 3, comma 1 bis). 

L’atto aziendale definisce in particolare le strutture operative con autonomia gestionale o tecnico-professionale che debbano operare una rendicontazione analitica (art. 3, comma 1 bis), i distretti disciplinati da legge regionale (art. 3 quater, comma 1), le attribuzioni degli organi delle aziende e in particolare del direttore amministrativo, del direttore sanitario, dei direttori di presidio, di distretto, di dipartimento e dei dirigenti responsabili di struttura (art. 15 ter, comma 1), i criteri e le modalità con cui deve essere affidata ai dirigenti la direzione delle strutture e degli uffici (art. 15 bis, comma 2), l’articolazione organizzativa e i corrispondenti poteri di gestione delle risorse umane, tecniche e finanziarie (art. 15 quinquies, comma 5).

Nota: Le aziende sanitarie locali sono talora definite enti strumentali della Regione (es. Cons. Stato, sez. V, 29 luglio 2003 n.4306), talaltra enti pubblici economici. La configurazione come enti strumentali si ricollega alla natura di ente di scopo delle aziende sanitarie che, "longa manus" dell’amministrazione titolare del servizio pubblico sanitario, sono legate alla Regione da un rapporto strumentale. Questa impostazione segue una criterio sostanzialistico e prescinde dalla abrogazione del D. Lgs. n. 517/1993 che definiva le aziende sanitarie espressamente come enti strumentali. La configurazione come ente pubblico economico si fonda invece sul criterio formale dell’avvenuta abrogazione espressa di tale norma.                                               

L'articolazione del servizio sanitario nazionale in aziende sanitarie ha consentito il superamento del modello previgente (l. n. 833 del 1978, cit.) che individuava quali strutture operative di riferimento le "Unità sanitarie locali" (USL), strutture comunali prive di personalità giuridica che assorbono le preesistenti casse mutue e che sono sia enti finanziatori delle prestazioni che erogatori attraverso le strutture sanitarie pubbliche da esse dipendenti (ospedali, ambulatori, laboratori). 

Sono perciò i Comuni, singolarmente o in via associata, a garantire l’erogazione delle prestazioni sanitarie attraverso le Usl, rette da comitati di gestione soggetti a forti ingerenze politiche.

Le inefficienze di tale sistema riscontrate nel tempo in ragione degli elevati costi e dell'insoddisfacente livello di qualità delle prestazioni, unitamente alla crisi determinata dai fatti di "Tangentopoli", hanno portato il legislatore a effettuare la scelta dell’aziendalizzazione del servizio sanitario. Con il D. Lgs. n. 502 del 1992, cit., si afferma così il modello dell’azienda in sanità che supera il precedente modello politico-rappresentativo attribuendo il potere di gestione delle Aziende al direttore generale e agli organi che lo coadiuvano, in luogo del comitato di gestione. 

Il legislatore degli anni Novanta ha definito l'autonomia delle Asl come organizzativa, amministrativa, patrimoniale, contabile, gestionale e tecnica (art. 3), attribuendo alle Asl il carattere di enti strumentali della Regione (v. nota, supra). 

Alla fine degli anni Novanta la pluralità delle autonomie dell’azienda sanitaria è sostituita dal riferimento a un'unica autonomia: l’autonomia imprenditoriale. 

Almeno inizialmente, il processo di aziendalizzazione comporta una tendenziale e progressiva riduzione quantitativa delle Asl rispetto alle Usl preesistenti, che si articolano per lo più a livello provinciale. Nel tempo il numero delle Asl viene a subire significative differenziazioni da una regione all'altra. Le riforme più recenti hanno perseguito in molti casi (Piemonte, Lombardia, Toscana, Emilia Romagna e altre ancora) l'aggregazione delle ASL in macro-aziende con elevati bacini di utenza, al fine duplice di garantire omogeneità nell'erogazione delle prestazioni e di ottenere risparmi di spesa sui servizi strumentali (gestione del personale, etc.).

Le Asl possono operare nel sistema come enti di finanziamento, erogazione e controllo delle prestazioni, erogate a propria volta da Aziende ospedaliere e altre organizzazioni pubbliche o private (modello "separato", ispirato al perseguimento della pluralità dei produttori), oppure erogarle direttamente attraverso presidi ospedalieri, laboratori e ambulatori "incardinati" nelle ASL (modello "integrato"), oppure operare in entrambi i ruoli (modello "misto").

Il livello di integrazione tra finanziamento ed erogazione delle prestazioni e il numero di produttori operativi nel SSN differiscono sensibilmente da una regione all'altra (ad es. propende per il modello c.d. separato la Regione Lombardia, per quello integrato Toscana ed Emilia Romagna). 

Così in Lombardia le aziende sanitarie locali, ora denominate "Agenzie di tutela della salute" (ATS) svolgono un ruolo essenzialmente di finanziamento e programmazione delle prestazioni erogate da soggetti terzi, che si tratti di organizzazioni pubbliche ("aziende socio sanitarie territoriali", ASST, che corrispondono di fatto alle aziende ospedaliere), od organizzazioni private. Il sistema, ispirato al principio di libera scelta del paziente ("scelta libera, consapevole e responsabile dei cittadini di accesso alle strutture sanitarie e sociosanitarie, pubbliche e private, per la cura e la presa in carico, in un’ottica di trasparenza e parità di diritti e doveri tra soggetti pubblici e privati che operano all’interno del SSL", l.r. Lombardia 30 dicembre 2009, n. 33, art. 2, comma 1, lett. b), favorisce per l'effetto una significativa presenza di privati erogatori.

Viceversa nel modello integrato (in particolare rinvenibile in Emilia Romagna e Toscana) le Aziende sanitarie locali, oltre ad acquistare le prestazioni da soggetti terzi, le erogano direttamente attraverso proprie articolazioni organizzative (dunque organizzazioni pubbliche sprovviste di personalità giuridica): si tratta in particolare dei presidi ospedalieri e dei distretti, che coincidono con strutture incardinate presso le Asl di dimensioni e livello di complessità medio, comunque non tale da consentire la trasformazione in azienda ospedaliera (vedi par. successivo). Ciò si traduce in una gestione tendenzialmente pan-pubblicistica della sanità.